L’indépendance :
En 1989, à la faveur de la perestroika et sous la pression du Front populaire pro-roumain, le gouvernement de Chisinau proclame le roumain langue officielle. La Moldavie proclame son indépendance le 27 août 1991 (fête nationale depuis) et devient membre de la CEI et de l’ONU. Le communiste Mircea Snegur est le premier Président démocratiquement élu. Mais très vite, une guerre civile éclate entre les communautés russophones, majoritairement en Transnistrie, et les populations moldaves. De plus, les Gagaouzes (peuple turcophone chrétien) proclament aussi leur indépendance. La région Gagaouze devient une entité territoriale autonome. La Transnistrie, soutenue par la 14ème armée du Général Lebed fait sécession. Un compromis est signé en 1993, après deux ans de combats, 500 morts et des milliers de blessés. Stepan Topal est élu président de la République de Gagaouz en décembre 1991, et Igor Smirnov est élu président de la République de Transnistrie.
Les premières élections législatives pluralistes ont lieu en février 1994. Les Moldaves se déclarent pour le maintien d’une Moldavie indépendante de la Roumanie, dans des frontières incluant la Transnistrie. La nouvelle Constitution est adoptée dans la foulée, le 29 juillet 1994. La Moldavie adhère au Conseil de l’Europe en 1995 et à l’Organisation mondiale de la francophonie en 1997.
La stabilisation toutefois est encore loin d’être acquise, en raison des tensions toujours vives en Transnistrie. En effet, si le problème des Gagaouzes est résolu (large autonomie et possibilité d’indépendance si la Moldavie se réunifiait avec la Roumanie), la Transnistrie est un état non reconnu au niveau international. Des partis Moldaves pro-roumain désireraient le rattachement à la Roumanie. En 2002 la Roumanie a accordé la citoyenneté roumaine aux moldaves d’origine roumaine.
La transition ne s’est pas bien passé, l’économie des années suivant l’indépendance s’est effondré. Les relations avec la Russie sont tendues, même si les deux pays n’ont pas de frontière commune. Le problème de la Transnitrie n’est pas résolue. La frontière est souvent fermée.